На территории городского округа «Город Калининград» активно применяются специальные режимы налогообложения, такие как упрощенная система налогообложения и система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход, которые позволяют оптимизировать налоговую нагрузку на малый бизнес.

Как показывает практика применения специальных режимов, начиная с момента их введения, интерес к ним со стороны субъектов предпринимательства постоянно растет. В первую очередь об этом свидетельствуют объемы единого налога, поступающие в бюджетную систему. За последние три года рост доходов бюджета от упрощенной системы налогообложения составил почти 40%, а в течение периода действия налогового режима в виде ЕНВД налоговые платежи малого бизнеса в абсолютном выражении увеличились в 1,3 раза. В целом удельный вес поступлений налогов по спецрежимам в общем объеме собственных доходов бюджета городского округа составляет более 20%.

Налоговая ставка для субъектов малого предпринимательства, использующих УСН, установлена Налоговым кодексом в размере 6% от доходов налогоплательщиков или 15% от суммы, исчисленной доходы минус расходы. Субъектам РФ с 2009 года предоставлено право снижать ставку, установленную в размере 15%. Однако в регионе не принят закон, понижающий ставку налога для данной категории налогоплательщиков. Также не принято решение о введении патентов на территории области.

В рамках прав, предоставленных НК РФ, на территории городского округа «Город Калининград» для субъектов малого предпринимательства, начиная с 2006 года, введен единый налог на вмененный доход для отдельных видов деятельности. В результате введения данного режима налогообложения была значительно снижена налоговая нагрузка в сравнении с субъектами предпринимательства, применяющих иную систему налогообложения.

Следует отметить, что с целью поддержки данной категории налогоплательщиков на территории городского округа налоговая нагрузка для субъектов малого предпринимательства, применяющих ЕНВД, не менялась с 2008 года.

В настоящее время в качестве меры по поддержи малого бизнеса совместно с региональными властями рассматривается  возможность применения упрощённой системы налогообложения на основе патента.

В Калининграде была принята и действует городская долгосрочная целевая программа «Развитие малого и среднего предпринимательства в городском округе «Город Калининград» на 2010-2015 годы» с общим объемом финансирования 2,9 млн. руб.

Программа предусматривает следующие мероприятия: организация семинаров для субъектов малого и среднего бизнеса, безработных граждан и учащейся молодежи, издание информационно-методических материалов, организация участия субъектов малого и среднего предпринимательства в выставочно-ярмарочной деятельности в России и за рубежом, консультирование граждан по вопросам организации и ведения бизнеса.

Субсидирование процентной ставки по кредитам и прямое финансирование малого бизнеса осуществляет в рамках областной Программы Фонд поддержки малого предпринимательства Калининградской области.