В феврале текущего года председатель профсоюзного комитета «Гармонии» Лилия Строжевская обратилась к председателю Калининградского областного комитета профсоюзов работников культуры о неправомерных действиях директора школы. Управление культуры администрации Калининграда организовало проверку, в ходе которой были выявлены нарушения: директор единолично принимала решения о выплате доплат и надбавок стимулирующего характера, премировании и оказании материальной помощи сотрудникам школы без согласования с профсоюзным органом школы. В нарушение Устава школы, порядка и основания отчисления учащихся, без согласования с педагогическим Советом директор исключала воспитанников образовательного учреждения, что привело к обоснованным жалобам родителей и преподавателей. По результатам проверки приказом управления культуры директору объявлено замечание и указано на необходимость нормализовать психологический климат в коллективе.
Проверка финансово-хозяйственной деятельности детской школы проводилась в апреле-мае 2009 года контрольно-ревизионным управлением городской администрации на основании обращения коллектива преподавателей в адрес губернатора Калининградской области. Приказом управления культуры директору «Гармонии» Нелли Яковлевой объявлен выговор и предписано принять исчерпывающие меры по устранению выявленных проверкой КРУ недостатков. Согласно её заявлению от 9 июня текущего года об уходе в отпуск и последующим увольнением, директор уволена с занимаемой должности по собственному желанию с 30 августа 2009 года.
В настоящее время на должность и.о. директора детской школы искусств «Гармония» назначена кандидат культурологических наук Ирина Комарова, имеющая стаж работы на руководящих должностях в этой сфере 14 лет.